Этот маленький недоразвитый перчик внутри назывется "перезревшая или недозрелая плодовая зачаточная часть" болгарского перца. 

Это маленький зародышевый плод, который внутри  крупных плодов выглядит как мини-перец, иногда похожий на небольшой сгусток семян и тканей. 

Это часть цветоложа или внутренней камеры плода, которая не развилась до полноценной перегородки, иногда с ограниченным количеством семян и тканей.

Можно ли его есть?

Да, можно. Это безопасная часть перца как и стенки и другие части перца.

Обычно он безопасен и съеден как обычный перец. Часто такой маленький «квартирант» может иметь другие органолептические свойства немного хуже чем остальные части - это может бы и более жесткий и не такой  сладкий по вкусу, но в общем это съедобная часть.Важно понимать , что к ним распространяются все принципы подхода определения признаков порчи , Как и с любыми другими овощами (гнилостный  запах, неприятная слизь, плесень) .Если признаки порчи отсутствуют - то можно готовить и употреблять. Если внутри есть неприятный запах или необычная текстура, лучше выбросить .