Лицам, страдающим заболеваниями желудочно-кишечного тракта (ЖКТ), следует быть особенно осторожными с выбором мяса для шашлыка, а также с самим процессом жарки на углях — это специфический способ приготовления. Диагнозы, такие как эрозивный гастрит, хронический и острый, язва желудка или 12-перстной кишки, колит или панкреатит, означают, что при выборе мяса следует избегать целых кусков и подойдет только фарш, в виде люля-кебаб. 

Также противопоказаны жирные сорта мяса, которые требуют дополнительных ферментов для переваривания и выброса желчи, что является нежелательным и создает высокую нагрузку на пищеварительную систему. Это особенно относится к баранине, утке и свинине, так как эти виды мяса содержат значительное количество жира. Жирная пища может усугубить симптомы: изжога и дискомфорт в животе не столь опасны по сравнению с кровотечением, прободением язвы или инвагинацией. 

Мясо, которое трудно переваривается или имеет жесткие волокна, также противопоказано — например, говядина, особенно от взрослого животного, достаточно сухая и может даже царапать и травмировать слизистую. Для тех, кто имеет проблемы с ЖКТ, лучше подойдут более легкие и нежирные сорта мяса, например, курица или индейка. Эти виды мяса легче усваиваются и обычно менее жирные, что делает их более подходящими для диеты людей с заболеваниями ЖКТ. Птицу лучше готовить в фольге или запекать в афг.